پس از معرفی Assassin’s Creed : Rogue مهم ترین بخشی که از این بازی مورد توجه قرار گرفته است، بخش داستانی است. نگاه تازه ای که داستان این نسخه دارد باعث شده تا عده ی کثیری از گیم پلی تکراری آن صرف نظر کنند و تنها علاقه داشته باشند تا سرانجام این داستان تاریک را بدانند. داستانی که برای اولین بار، داستان را از دید یک تمپلار روایت می کند.